В 1992 г. возглавил отдел по судебной реформе Главного Правового Управления Президента РФ. Много усилий приложил Пашин и его сотрудники для того, чтобы в нашей стране появилось независимое, профессиональное, подчиняющееся лишь закону и голосу собственной совести судейское сообщество. Под руководством Сергея Анатольевича вводились суды присяжных в 9 регионах России, он был разработчиком законопроекта о судебном обжаловании арестов и целого ряда других законов, создавших предпосылки для становления в нашей стране независимой судебной власти, цивилизованного правосудия.

В 29 лет Сергею Анатольевичу присвоили звание заслуженного юриста РФ, в 1999 г. ему присуждена премия “За права человека” Уполномоченного по правам человека РФ, он член Московской Хельсинкской Группы, Независимого экспертно-правового совета, автор более 80 научных трудов, книги “Обжалование арестов” (серия “Знай свои права!”), которая бесплатно раздавалась заключенным и их родственникам. С.А. Пашин известен и как поэт, издано несколько сборников его стихотворений. В 1995 году Сергей Анатольевич подает в отставку из администрации Президента в знак протеста против ликвидации отдела по судебной реформе и вскоре начинает работать судьей Мосгорсуда.

На процессах, которые вел Сергей Анатольевич Пашин, можно было увидеть юристов, правозащитников, журналистов. Он делал невероятное: в море произвола, беззакония своими руками создавал островок праведного и справедливого суда. Исключал из обвинения доказательства, которые добывались с нарушением законов, выносил оправдательный приговор подсудимому, для которого прокурор, защищая честь мундира, требовал 9 лет лишения свободы. Давал конвойному деньги на такси, чтобы заключенный с распадом легких, которому изменена мера пресечения, вышел на свободу не в понедельник, а в пятницу.

В 1998 году судейское начальство впервые предприняло попытку избавиться от “белой вороны” российского правосудия. Но мощная общественная кампания в защиту Сергея Анатольевича Пашина заставила Верховный суд РФ отменить решение квалификационных коллегий об отрешении Пашина от должности судьи. В 2000 году предпринята вторая попытка: квалификационная коллегия города Москвы лишила Сергея Анатольевича судейских полномочий. 18 января 2001 г. Высшая квалификационная коллегия судей РФ отменила это решение.